Добрый день.
Не понятно, в чем ваша проблема.
Расчеты с самозанятым отражаются так же, как и расчеты с любым другим контрагентом.
Цитата: После окончательной оплаты он прислал чек на полную сумму. Я ему сказала, чтобы прислал 2 чека, так как даты оплат разные
Правильно вы сказали самозанятому.
Цитата: а он мне ответил, что всегда делает чек по закрытию работ и ничего менять не будет.
А при чем тут закрытие работ, непонятно, у самозанятого могут быть проблемы, если он не почитает Закон и не станет им руководствоваться:
Цитата: 1. В целях настоящего Федерального закона датой получения доходов от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав) признаетсядата получения соответствующих денежных средствили дата поступления таких денежных средств на счета налогоплательщика в банках либо по его поручению на счета третьих лиц, если иное не предусмотрено настоящей статьей.
Цитата: 3. Чек должен быть сформирован налогоплательщиком и передан покупателю (заказчику) в момент расчета наличными денежными средствами и (или) с использованием электронных средств платежа. При иных формах денежныхрасчетов в безналичном порядке чек должен быть сформирован и передан покупателю (заказчику) не позднее 9-го числа месяца, следующего за налоговым периодом, в котором произведены расчеты.